소개

소개

C1 탄소에 적용하는 시스템 생물학.

한국생명공학연구원(KRIBB) 합성생물학연구센터에서 박사후연구원으로 일합니다. C1 미생물을 공학하고, AI 코딩 에이전트를 워크플로우 곳곳에 둡니다.

연구
C1 화학을 위한 메탄자화균·메틸영양균을 공학합니다. UNIST 박사 과정에서 Methylorubrum extorquens를 메탄올 스트레스 환경에서 ~800 세대 ALE로 진화시켰습니다.
방법
전장 유전체 시퀀싱, RNA-seq, AlphaFold3 구조 분석을 결합해 변이들을 하나의 스트레스 응답 네트워크로 읽어냅니다.
도구
AI 코딩 에이전트(Claude Code 등)를 발판으로 dry-lab 도구를 직접 만듭니다. ALE·RNA-seq·WGS 분석에 코드 에이전트를 접목하는 시도를 진행 중이며, 향후 합성생물학 파이프라인 전반에서 데이터→가설→실험 사이클을 단축하는 방향으로 확장할 계획입니다.

학력

  • 박사 (석박통합과정), 화학공학
    울산과학기술원 (UNIST)
    시스템 생물학 및 머신러닝 연구실, 지도교수 김동혁 교수님
    2019.03 – 2026.02
    박사 학위 논문: Systems-Level Dissection of Methanol Adaptation in Methylorubrum extorquens. 3축 통합: 8개 균주 pan-genome 비교로 복잡한 AM1(plasmid-rich)과 간소화된 PA1의 진화적 분기를 정의, AM1 wild-type ~800 세대 ALE로 metY (F36L/S383L)와 kefB 적응 변이 발굴, engineered PA1 Δfdh234 ALE에서 metY-1 Y57D 수렴 변이 발견. OAHS substrate specificity 재조정이 catabolic flux 최적화보다 우선하는 적응 기전을 제시.
  • 학사, 유전공학
    경희대학교
    2011.03 – 2017.02

경력

  • 박사후연구원
    한국생명공학연구원 (KRIBB), 합성생물학연구센터
    이혜원 박사님 C1 team
    2026.03 – 현재
    C1팀의 메탄자화균 균주 엔지니어링, 멀티오믹스 파이프라인 구축, 에이전틱 도구 개발을 수행하고 있습니다.
  • 석박통합과정 연구원
    UNIST 화학공학과
    시스템 생물학 및 머신러닝 연구실 (김동혁 교수님)
    2019.03 – 2026.02
    메틸영양균 ALE 수행, pan-genome 및 DEG 분석, 박테리오파지·식물 병원균 비교 유전체 분석.

기술 역량

실험
  • 적응 진화 실험 (ALE)
  • 메틸영양균·메탄자화균 배양
  • Allelic exchange 및 돌연변이 재현
  • Growth phenotyping
  • RNA-seq 라이브러리 제작
오믹스 및 모델링
  • Whole-genome sequencing 분석
  • Pan-genome 비교 분석
  • RNA-seq 및 DEG 분석
  • AlphaFold3 기반 구조-기능 해석
  • COBRApy 기반 GEM (Genome-scale Metabolic Model) 분석
엔지니어링
  • Python·R 오믹스 파이프라인 구축
  • 시각화 자동화
  • Claude Code 에이전트 워크플로우 (합성생물학)
  • GitHub Actions CI 및 cron job 운영
  • TypeScript·Astro 기반 연구 도구 개발