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Gyu Min Lee

박사후연구원

소속:
한국생명공학연구원 (KRIBB), 합성생물학연구센터
PI:
이혜원 박사님
위치:
대한민국 대전

소개

한국생명공학연구원(KRIBB) 합성생물학연구센터에서 박사후연구원으로 일합니다. C1 미생물을 공학하고, AI 코딩 에이전트를 워크플로우 곳곳에 둡니다.

연구
C1 화학을 위한 메탄자화균·메틸영양균을 공학합니다. UNIST 박사 과정에서 Methylorubrum extorquens를 메탄올 스트레스 환경에서 700세대 이상 ALE로 진화시켰습니다.
방법
전장 유전체 시퀀싱, RNA-seq, AlphaFold3 구조 분석을 결합해 변이들을 하나의 스트레스 응답 네트워크로 읽어냅니다.
도구
AI 코딩 에이전트를 발판으로 dry-lab 도구를 직접 만듭니다. 프라이머 설계, NGS 검증, 실험 노트 자동화 등을 갖춰 wet-lab 주기가 멈추지 않도록 합니다.

학력

  • 2019.03 – 2026.02
    박사 (석박통합과정), 화학공학
    울산과학기술원 (UNIST)
    시스템 생물학 및 머신러닝 연구실, 지도교수 김동혁 교수님
    Dissertation: Systems-level characterization of adaptive responses to methanol stress in Methylorubrum extorquens.
  • 2011.03 – 2017.02
    학사, 유전공학
    경희대학교

경력

  • 2026.03 – 현재
    박사후연구원
    한국생명공학연구원 (KRIBB), 합성생물학연구센터
    이혜원 박사님 C1 team
    Methanotroph strain engineering, multi-omics pipelines, agentic tooling for the C1 team.
  • 2019.03 – 2026.02
    석박통합과정 연구원
    UNIST 화학공학과
    시스템 생물학 및 머신러닝 연구실 (김동혁 교수님)
    Methylotroph ALE, pan-genome and DEG analysis, bacteriophage and plant-pathogen comparative genomics.

기술 역량

실험
  • Adaptive laboratory evolution (ALE)
  • Methylotroph and methanotroph cultivation
  • Allelic exchange and mutation reconstruction
  • Growth phenotyping
  • RNA-seq library prep
오믹스 및 모델링
  • Whole-genome sequencing analysis
  • Pan-genome comparative analysis
  • RNA-seq and DEG analysis
  • AlphaFold3 structure-function interpretation
  • COBRApy genome-scale metabolic modeling
엔지니어링
  • Python and R omics pipelines
  • Visualization automation
  • Claude Code agent workflows for synthetic biology
  • GitHub Actions CI and cron jobs
  • TypeScript / Astro for research tooling

주요 논문

  1. Systems-Level Dissection of Methanol Adaptation in Methylorubrum extorquens · Gyu Min Lee (2026). link.
  2. Characterization and therapeutic potential of newly isolated bacteriophages against Staphylococcus species in bovine mastitis · Jae-hyun Cho, Gyu Min Lee, Seyoung Ko, Youngju Kim et al. (2025, Journal of Virology). link.
  3. Integrated genomic and transcriptomic Insights into methanol tolerance mechanisms in Methylobacterium extorquens AM1, identifying key targets for strain engineering · Gyu Min Lee, Khoi Nhat Pham, Ina Bang, Seyoung Ko et al. (2025, Journal of Biological Engineering). link.
  4. Structural and Transcriptomic Signatures of Adaptive Optimization in Methylorubrum extorquens PA1 Δfdh234 under Methanol Stress · Gyu Min LEE, KIM Jaehyung, KIM Donghyuk (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
  5. Deciphering High-Methanol Adaptation in Methylorubrum extorquens AM1 through Genomic and Transcriptomic Analyses · Gyu Min LEE, PHAM Khoi, BANG Ina, KO Seyoung et al. (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
  6. Pan-genome Analysis Revealed Comparable Genomic Characteristics of Central Metabolic Pathways in Methylorubrum extorquens · Gyu Min LEE, Zoe SCOTT-NEVROS, LEE Sang-Mok, KIM Donghyuk (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
  7. Investigation of Evolutionary Strategies of M. extorquens AM1 for Enhanced Methanol Tolerance through Systems Biology Approaches · Gyu Min LEE, KO Seyoung, BANG Ina, KIM Donghyuk (2024, 한국생물공학회 학술대회). link.
  8. Pan-genome Analysis Reveals Comparative Genomic Features of Central Metabolic Pathways in Methylorubrum extorquens · Gyu Min Lee, Zoe K Scott-Nevros, Sang-Mok Lee, Donghyuk Kim (2023, Biotechnology and Bioprocess Engineering). link.

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수상·학회

추가 예정