Gyu Min Lee
박사후연구원
- 소속:
- 한국생명공학연구원 (KRIBB), 합성생물학연구센터
- PI:
- 이혜원 박사님
- 위치:
- 대한민국 대전
소개
한국생명공학연구원(KRIBB) 합성생물학연구센터에서 박사후연구원으로 일합니다. C1 미생물을 공학하고, AI 코딩 에이전트를 워크플로우 곳곳에 둡니다.
- 연구
- C1 화학을 위한 메탄자화균·메틸영양균을 공학합니다. UNIST 박사 과정에서 Methylorubrum extorquens를 메탄올 스트레스 환경에서 ~800 세대 ALE로 진화시켰습니다.
- 방법
- 전장 유전체 시퀀싱, RNA-seq, AlphaFold3 구조 분석을 결합해 변이들을 하나의 스트레스 응답 네트워크로 읽어냅니다.
- 도구
- AI 코딩 에이전트(Claude Code 등)를 발판으로 dry-lab 도구를 직접 만듭니다. ALE·RNA-seq·WGS 분석에 코드 에이전트를 접목하는 시도를 진행 중이며, 향후 합성생물학 파이프라인 전반에서 데이터→가설→실험 사이클을 단축하는 방향으로 확장할 계획입니다.
학력
- 2019.03 – 2026.02박사 (석박통합과정), 화학공학울산과학기술원 (UNIST)시스템 생물학 및 머신러닝 연구실, 지도교수 김동혁 교수님박사 학위 논문: Systems-Level Dissection of Methanol Adaptation in Methylorubrum extorquens. 3축 통합: 8개 균주 pan-genome 비교로 복잡한 AM1(plasmid-rich)과 간소화된 PA1의 진화적 분기를 정의, AM1 wild-type ~800 세대 ALE로 metY (F36L/S383L)와 kefB 적응 변이 발굴, engineered PA1 Δfdh234 ALE에서 metY-1 Y57D 수렴 변이 발견. OAHS substrate specificity 재조정이 catabolic flux 최적화보다 우선하는 적응 기전을 제시.
- 2011.03 – 2017.02학사, 유전공학경희대학교
경력
- 2026.03 – 현재박사후연구원한국생명공학연구원 (KRIBB), 합성생물학연구센터이혜원 박사님 C1 teamC1팀의 메탄자화균 균주 엔지니어링, 멀티오믹스 파이프라인 구축, 에이전틱 도구 개발을 수행하고 있습니다.
- 2019.03 – 2026.02석박통합과정 연구원UNIST 화학공학과시스템 생물학 및 머신러닝 연구실 (김동혁 교수님)메틸영양균 ALE 수행, pan-genome 및 DEG 분석, 박테리오파지·식물 병원균 비교 유전체 분석.
기술 역량
실험
- 적응 진화 실험 (ALE)
- 메틸영양균·메탄자화균 배양
- Allelic exchange 및 돌연변이 재현
- Growth phenotyping
- RNA-seq 라이브러리 제작
오믹스 및 모델링
- Whole-genome sequencing 분석
- Pan-genome 비교 분석
- RNA-seq 및 DEG 분석
- AlphaFold3 기반 구조-기능 해석
- COBRApy 기반 GEM (Genome-scale Metabolic Model) 분석
엔지니어링
- Python·R 오믹스 파이프라인 구축
- 시각화 자동화
- Claude Code 에이전트 워크플로우 (합성생물학)
- GitHub Actions CI 및 cron job 운영
- TypeScript·Astro 기반 연구 도구 개발
주요 논문
- Characterization and therapeutic potential of newly isolated bacteriophages against Staphylococcus species in bovine mastitis · Jae-hyun Cho, Gyu Min Lee, Seyoung Ko, Youngju Kim et al. (2025, Journal of Virology). link.
- Integrated genomic and transcriptomic Insights into methanol tolerance mechanisms in Methylobacterium extorquens AM1, identifying key targets for strain engineering · Gyu Min Lee, Khoi Nhat Pham, Ina Bang, Seyoung Ko et al. (2025, Journal of Biological Engineering). link.
- Structural and Transcriptomic Signatures of Adaptive Optimization in Methylorubrum extorquens PA1 Δfdh234 under Methanol Stress · Gyu Min LEE, KIM Jaehyung, KIM Donghyuk (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
- Deciphering High-Methanol Adaptation in Methylorubrum extorquens AM1 through Genomic and Transcriptomic Analyses · Gyu Min LEE, PHAM Khoi, BANG Ina, KO Seyoung et al. (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
- Pan-genome Analysis Revealed Comparable Genomic Characteristics of Central Metabolic Pathways in Methylorubrum extorquens · Gyu Min LEE, Zoe SCOTT-NEVROS, LEE Sang-Mok, KIM Donghyuk (2025, 한국생물공학회 학술대회). link.
- Investigation of Evolutionary Strategies of M. extorquens AM1 for Enhanced Methanol Tolerance through Systems Biology Approaches · Gyu Min LEE, KO Seyoung, BANG Ina, KIM Donghyuk (2024, 한국생물공학회 학술대회). link.
- Pan-genome Analysis Reveals Comparative Genomic Features of Central Metabolic Pathways in Methylorubrum extorquens · Gyu Min Lee, Zoe K Scott-Nevros, Sang-Mok Lee, Donghyuk Kim (2023, Biotechnology and Bioprocess Engineering). link.
- Systems Biology Analysis Reveals Effect of Adaptive Laboratory Evolution in M. extorquens AM1 for High Methanol Resistance · Gyu Min LEE, BANG Ina, KIM Donghyuk (2023, 한국생물공학회 학술대회). link.
수상·학회
추가 예정